На исследовательскую лабораторию совершается нападение, и Бэтмен, изучив записи камер, замечает характерный стиль боя ниндзя. Вскоре в Готэме появляются Черепашки-ниндзя: они пытаются остановить серию краж экспериментальных технологий, с помощью которых неизвестный преступник выстраивает свой план. Очень скоро становится ясно, что героям предстоит столкнуться с куда более опасным противником, чем они ожидали.