На дослідницьку лабораторію нападають, і Бетмен, переглянувши записи камер, помічає характерний стиль бою ніндзя. Невдовзі в Ґотемі з’являються Черепашки-ніндзя: вони намагаються зупинити серію крадіжок експериментальних технологій, за допомогою яких невідомий злочинець втілює свій план. Дуже скоро стає ясно, що героям доведеться зіткнутися з набагато небезпечнішим ворогом, ніж вони очікували.